R Notebook
library(knitr)
library(Seurat)load('output/monocle/180831/heatmaps')
seurobj <- readRDS('output/seurat_objects/180831/10x-180831')
Select genes to show on heatmap. Genes cluster 2:
BEAM2 <- BEAM2[order(-BEAM2$avgLogFC_State2_State3),]
BEAM2 <- BEAM2[order(-BEAM2$avgLogFC_State2_State3),]
kable(as.data.frame(BEAM2))
| |gene_short_name | pval| qval| avgLogFC_State2_State3|
|:---|:---------------|----:|----:|----------------------:|
|57 |SCD | 0| 0| 2.3668674|
|45 |FABP5 | 0| 0| 1.9345684|
|7 |G0S2 | 0| 0| 1.8911775|
|46 |FABP4 | 0| 0| 1.8649388|
|21 |ADIPOQ | 0| 0| 1.8116877|
|55 |ADIRF | 0| 0| 1.5471742|
|37 |CD36 | 0| 0| 1.4585314|
|107 |PLIN4 | 0| 0| 1.4433467|
|77 |GPD1 | 0| 0| 1.4303713|
|56 |RBP4 | 0| 0| 1.3479227|
|88 |PLIN1 | 0| 0| 1.3378702|
|99 |FASN | 0| 0| 1.3069709|
|13 |DBI | 0| 0| 1.2918998|
|63 |PNPLA2 | 0| 0| 1.2703044|
|115 |CHCHD10 | 0| 0| 1.1849491|
|17 |CIDEC | 0| 0| 1.0783518|
|32 |HEBP2 | 0| 0| 1.0567199|
|94 |MTRNR2L1 | 0| 0| 1.0234040|
|50 |AGPAT2 | 0| 0| 1.0196356|
|82 |ACACB | 0| 0| 0.9651879|
|67 |FADS1 | 0| 0| 0.9617837|
|24 |ACSL1 | 0| 0| 0.9474505|
|70 |UCP2 | 0| 0| 0.8888489|
|69 |PLA2G16 | 0| 0| 0.8751794|
|42 |INSIG1 | 0| 0| 0.8699395|
|100 |CYB5A | 0| 0| 0.8587624|
|112 |LIPE | 0| 0| 0.8196034|
|71 |DGAT2 | 0| 0| 0.7773532|
|60 |GPAM | 0| 0| 0.7571747|
|121 |MRAP | 0| 0| 0.7543819|
|79 |PPP1R1A | 0| 0| 0.7513995|
|43 |COX7B | 0| 0| 0.7454391|
|95 |ACLY | 0| 0| 0.7285936|
|114 |SLC25A1 | 0| 0| 0.7264040|
|44 |LPL | 0| 0| 0.7030135|
|96 |AOC3 | 0| 0| 0.6948749|
|54 |FAM213A | 0| 0| 0.6533328|
|30 |COX7A2 | 0| 0| 0.6270537|
|102 |PCK1 | 0| 0| 0.6190016|
|6 |PRDX6 | 0| 0| 0.6176262|
|83 |COL4A1 | 0| 0| 0.6091304|
|75 |TIMM8B | 0| 0| 0.6052668|
|61 |ACSL5 | 0| 0| 0.6034987|
|27 |UQCRQ | 0| 0| 0.6011568|
|15 |PTMA | 0| 0| 0.6008086|
|9 |MDH1 | 0| 0| 0.5899964|
|48 |AQP7 | 0| 0| 0.5891652|
|51 |MRPL41 | 0| 0| 0.5844586|
|39 |PRKAR2B | 0| 0| 0.5776642|
|120 |ATP5J | 0| 0| 0.5753469|
|12 |COX5B | 0| 0| 0.5748667|
|68 |LGALS12 | 0| 0| 0.5678075|
|117 |UQCR10 | 0| 0| 0.5672789|
|3 |UQCRH | 0| 0| 0.5649240|
|92 |ACADVL | 0| 0| 0.5648477|
|116 |DDT | 0| 0| 0.5564133|
|35 |VKORC1L1 | 0| 0| 0.5562388|
|113 |ETFB | 0| 0| 0.5543867|
|72 |THRSP | 0| 0| 0.5497026|
|73 |NDUFC2 | 0| 0| 0.5371121|
|4 |SHC1 | 0| 0| 0.5361255|
|118 |ACO2 | 0| 0| 0.5346643|
|5 |MGST3 | 0| 0| 0.5278472|
|84 |COL4A2 | 0| 0| 0.5232081|
|8 |FNDC4 | 0| 0| 0.5228482|
|22 |HADH | 0| 0| 0.5181163|
|98 |DCXR | 0| 0| 0.5152906|
|91 |MVD | 0| 0| 0.5029292|
|49 |STOM | 0| 0| 0.5026573|
|10 |HK2 | 0| 0| 0.5014454|
|20 |ALDH1L1 | 0| 0| 0.4946480|
|97 |MRPL12 | 0| 0| 0.4938111|
|81 |CS | 0| 0| 0.4926468|
|36 |YWHAG | 0| 0| 0.4918045|
|157 |AKR1C2 | 0| 0| 0.4881559|
|62 |RPLP2 | 0| 0| 0.4870903|
|29 |ELOVL5 | 0| 0| 0.4870801|
|80 |ITGA7 | 0| 0| 0.4839989|
|133 |CSAD | 0| 0| 0.4766446|
|64 |MRPL23 | 0| 0| 0.4725353|
|123 |MT-ATP6 | 0| 0| 0.4724549|
|40 |NDUFB2 | 0| 0| 0.4657037|
|25 |HMGCS1 | 0| 0| 0.4651636|
|18 |GBE1 | 0| 0| 0.4561524|
|78 |COX14 | 0| 0| 0.4534031|
|119 |NDUFA6 | 0| 0| 0.4525655|
|130 |RHOB | 0| 0| 0.4497413|
|135 |HP | 0| 0| 0.4477185|
|146 |TSKU | 0| 0| 0.4432958|
|104 |ATP5D | 0| 0| 0.4430642|
|131 |CHI3L2 | 0| 0| 0.4422965|
|101 |ACSS2 | 0| 0| 0.4420577|
|87 |FAH | 0| 0| 0.4326943|
|93 |SREBF1 | 0| 0| 0.4302819|
|90 |FAM195A | 0| 0| 0.4297691|
|134 |APOE | 0| 0| 0.4293498|
|171 |C11orf96 | 0| 0| 0.4287948|
|144 |PEMT | 0| 0| 0.4231312|
|53 |AIFM2 | 0| 0| 0.4225094|
|85 |SLIRP | 0| 0| 0.4208609|
|59 |SH3PXD2A | 0| 0| 0.4199032|
|125 |MT-ND5 | 0| 0| 0.4144307|
|14 |IDH1 | 0| 0| 0.4129852|
|124 |MT-CO3 | 0| 0| 0.4114366|
|19 |COX17 | 0| 0| 0.4104477|
|16 |CAMK1 | 0| 0| 0.4101654|
|105 |UQCR11.1 | 0| 0| 0.4095750|
|2 |NDUFS5 | 0| 0| 0.4092634|
|34 |ERV3-1 | 0| 0| 0.4089046|
|38 |ATP5J2 | 0| 0| 0.4086221|
|128 |GCSH | 0| 0| 0.4079703|
|58 |USMG5 | 0| 0| 0.4071789|
|89 |MESP1 | 0| 0| 0.4067898|
|109 |NOTCH3 | 0| 0| 0.4022523|
|138 |NDUFA3 | 0| 0| 0.3993649|
|139 |ECH1 | 0| 0| 0.3944349|
|47 |ACO1 | 0| 0| 0.3940340|
|52 |IDI1 | 0| 0| 0.3929025|
|174 |RASD1 | 0| 0| 0.3927756|
|163 |RDH5 | 0| 0| 0.3917956|
|129 |CDKN2C | 0| 0| 0.3910632|
|11 |RETSAT | 0| 0| 0.3853895|
|76 |ATP5L | 0| 0| 0.3836226|
|74 |DLAT | 0| 0| 0.3799294|
|86 |CLMN | 0| 0| 0.3754890|
|65 |MTRNR2L8 | 0| 0| 0.3743367|
|28 |HLA-DMA | 0| 0| 0.3722141|
|127 |CAV1 | 0| 0| 0.3717264|
|111 |COX6B1 | 0| 0| 0.3706229|
|108 |NDUFB7 | 0| 0| 0.3696316|
|137 |MLXIPL | 0| 0| 0.3673746|
|140 |ATP5I | 0| 0| 0.3653028|
|167 |TIMP4 | 0| 0| 0.3632776|
|136 |COX6A1 | 0| 0| 0.3619079|
|149 |MMD | 0| 0| 0.3615633|
|145 |MGST1 | 0| 0| 0.3609143|
|106 |MKNK2 | 0| 0| 0.3591204|
|23 |MSMO1 | 0| 0| 0.3576535|
|160 |NR1H3 | 0| 0| 0.3569965|
|152 |SAT1 | 0| 0| 0.3557991|
|156 |MME | 0| 0| 0.3541996|
|141 |HILPDA | 0| 0| 0.3540137|
|110 |CEBPA | 0| 0| 0.3466449|
|142 |RTN3 | 0| 0| 0.3428421|
|173 |IL17RE | 0| 0| 0.3397997|
|31 |ME1 | 0| 0| 0.3390659|
|132 |COX7A1 | 0| 0| 0.3369407|
|151 |C19orf70 | 0| 0| 0.3355317|
|153 |DHCR24 | 0| 0| 0.3342182|
|103 |ATP5E | 0| 0| 0.3333487|
|161 |TOB1 | 0| 0| 0.3322712|
|169 |CAT | 0| 0| 0.3321904|
|122 |MT-CO1 | 0| 0| 0.3283443|
|143 |ATP5O | 0| 0| 0.3282112|
|172 |AKR1C3 | 0| 0| 0.3281871|
|168 |LINC00116 | 0| 0| 0.3277222|
|155 |TECR | 0| 0| 0.3266503|
|26 |COX7C | 0| 0| 0.3259517|
|166 |PPARG | 0| 0| 0.3226131|
|33 |NDUFA4 | 0| 0| 0.3193664|
|148 |LETM1 | 0| 0| 0.3193467|
|175 |HSD11B1 | 0| 0| 0.3174487|
|150 |NDUFA1 | 0| 0| 0.3164739|
|158 |ACAA2 | 0| 0| 0.3152373|
|159 |GLRX5 | 0| 0| 0.3143023|
|154 |C17orf89 | 0| 0| 0.3140140|
|147 |MTRNR2L10 | 0| 0| 0.3118525|
|170 |HADHB | 0| 0| 0.3098151|
|162 |MINOS1 | 0| 0| 0.3095168|
|126 |MT-CYB | 0| 0| 0.3076045|
|165 |DECR1 | 0| 0| 0.3050834|
|164 |FZD4 | 0| 0| 0.3027719|
|66 |PDE3B | 0| 0| 0.3017737|
|41 |EPHA1-AS1 | 0| 0| 0.3000552|
|1 |PLA2G2A | 0| 0| -0.3153235|
Genes cluster 6
kable(as.data.frame(BEAM6))
| |gene_short_name | pval| qval| avgLogFC_State2_State3|
|:--|:---------------|----:|----:|----------------------:|
|7 |CYCS | 0| 0| 0.8080338|
|25 |MT-CO2 | 0| 0| 0.7081435|
|9 |SLC25A5 | 0| 0| 0.6604334|
|8 |CAV2 | 0| 0| 0.6421343|
|2 |MPC2 | 0| 0| 0.6294591|
|15 |COX8A | 0| 0| 0.6120592|
|3 |ATP5G3 | 0| 0| 0.6107311|
|16 |ATP5B | 0| 0| 0.5996341|
|1 |FDPS | 0| 0| 0.5967354|
|11 |CYC1 | 0| 0| 0.5645716|
|18 |COX5A | 0| 0| 0.5541594|
|22 |PRDX2 | 0| 0| 0.5220889|
|26 |MT-ND4 | 0| 0| 0.4658894|
|12 |ECHS1 | 0| 0| 0.4641587|
|10 |BCAP31 | 0| 0| 0.4596779|
|20 |ATP5G1 | 0| 0| 0.4572808|
|24 |PDXK | 0| 0| 0.4479602|
|14 |MTCH2 | 0| 0| 0.4469896|
|23 |UQCRFS1 | 0| 0| 0.4462437|
|4 |HSPE1 | 0| 0| 0.4419751|
|6 |NDUFS6 | 0| 0| 0.4368126|
|13 |TALDO1 | 0| 0| 0.4245221|
|21 |TIMM13 | 0| 0| 0.4238569|
|27 |ASPH | 0| 0| 0.3968682|
|19 |NDUFAB1 | 0| 0| 0.3933739|
|17 |MMAB | 0| 0| 0.3740861|
|5 |MRAS | 0| 0| 0.3699491|
|30 |BOLA3 | 0| 0| 0.3568609|
|31 |GPC1 | 0| 0| 0.3549774|
|37 |G6PD | 0| 0| 0.3499098|
|29 |C20orf27 | 0| 0| 0.3484041|
|28 |HSD17B12 | 0| 0| 0.3404516|
|36 |CISD3 | 0| 0| 0.3399934|
|35 |HSD17B10 | 0| 0| 0.3394396|
|33 |UQCRC1 | 0| 0| 0.3248240|
|34 |NDUFS7 | 0| 0| 0.3205082|
|32 |ACAT2 | 0| 0| 0.3002897|
Genes cluster 3
kable(as.data.frame(BEAM3))
| |gene_short_name | pval| qval| avgLogFC_State2_State3|
|:--|:---------------|----:|----:|----------------------:|
|6 |APOD | 0| 0| -1.4736756|
|21 |MGP | 0| 0| -1.4203376|
|22 |DCN | 0| 0| -1.3868741|
|16 |IGF2 | 0| 0| -1.1216422|
|13 |PLAC9 | 0| 0| -1.0051597|
|26 |MFAP4 | 0| 0| -0.8775692|
|29 |CST3 | 0| 0| -0.8697664|
|20 |MFAP5 | 0| 0| -0.8672895|
|14 |IFITM3 | 0| 0| -0.8357621|
|9 |CLU | 0| 0| -0.7825588|
|31 |ZFP36 | 0| 0| -0.7113562|
|12 |PTGDS | 0| 0| -0.6952933|
|4 |DPT | 0| 0| -0.6841868|
|32 |FBLN1 | 0| 0| -0.6752993|
|24 |FOS | 0| 0| -0.6405352|
|25 |MFGE8 | 0| 0| -0.6328013|
|18 |C1S | 0| 0| -0.6291763|
|19 |C1R | 0| 0| -0.6249373|
|3 |CTSK | 0| 0| -0.6079750|
|11 |OSR2 | 0| 0| -0.5893658|
|23 |ZFP36L1 | 0| 0| -0.5867891|
|8 |TCEAL4 | 0| 0| -0.5379888|
|10 |SNAI2 | 0| 0| -0.5313284|
|30 |CFD | 0| 0| -0.5229203|
|17 |SERPING1 | 0| 0| -0.5216133|
|1 |PPAP2B | 0| 0| -0.5215079|
|28 |TIMP2 | 0| 0| -0.4636693|
|2 |OLFML3 | 0| 0| -0.4582122|
|5 |CYBRD1 | 0| 0| -0.4574269|
|27 |ABCA6 | 0| 0| -0.4514171|
|15 |LSP1 | 0| 0| -0.4444798|
|36 |SH3D19 | 0| 0| -0.4309001|
|37 |ZEB1 | 0| 0| -0.4307388|
|33 |CD34 | 0| 0| -0.4275094|
|38 |EGR1 | 0| 0| -0.4104048|
|35 |ZFP36L2 | 0| 0| -0.3991944|
|41 |NDRG1 | 0| 0| -0.3666916|
|7 |NGFRAP1 | 0| 0| -0.3661955|
|40 |LHFP | 0| 0| -0.3625350|
|34 |FSTL1 | 0| 0| -0.3486961|
|42 |TNNT3 | 0| 0| -0.3473315|
|46 |C1orf21 | 0| 0| -0.3448129|
|56 |CILP | 0| 0| -0.3445678|
|49 |TMEM59L | 0| 0| -0.3436946|
|43 |HSD17B11 | 0| 0| -0.3412664|
|39 |WISP2 | 0| 0| -0.3364780|
|55 |PMP22 | 0| 0| -0.3291142|
|51 |FAM198B | 0| 0| -0.3285126|
|50 |PPAP2A | 0| 0| -0.3271414|
|45 |ANKRD28 | 0| 0| -0.3238307|
|48 |CBR3 | 0| 0| -0.3210070|
|52 |SPON2 | 0| 0| -0.3208090|
|47 |MIR24-2 | 0| 0| -0.3113038|
|54 |GPNMB | 0| 0| -0.3093493|
|44 |RAB31 | 0| 0| -0.3077585|
|58 |CPB1 | 0| 0| -0.3050819|
|57 |SLC40A1 | 0| 0| -0.3033854|
|53 |EPHB6 | 0| 0| -0.3012332|
#OSR2 = TF
genes.cluster3 <- c('APOD', 'DCN', 'MGP', 'ZFP36', 'DPT', 'CD34', 'PLAC9')
genes.cluster2 <- c('SCD', 'FABP5', 'G0S2', 'ADIPOQ', 'ADIRF', 'PLIN1', 'FASN', 'CIDEC', 'UCP2', 'FADS1', 'HEBP2', 'LIPE', 'CD36')
genes.cluster6 <- c('MPC2', 'COX8A', 'ATP5B', 'FDPS', 'PDXK')
genes.union <- c(genes.cluster3, genes.cluster2, genes.cluster6)heatmaps[['heatmap_logFC0.3_ncluster6']]$ph_res$gtable$grobs[[3]][1]['all_labels'] <- genes
number of items to replace is not a multiple of replacement lengthnumber of items to replace is not a multiple of replacement lengthHeatmap with filtered
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